1521年フィリピンにはマゼラン艦隊が到達します。一方マレーシアでは既に1509年ポルトガル人がマラッカ王国に来訪し、1511年にはポルトガルの16隻の艦隊によって占領された後、堅固な要塞が築かれました。尚、日本にも1543年ポルトガル人の一行が、種子島に漂着し鉄砲を伝えています。1641年にはオランダがマラッカを再び占領。1786年にはイギリスがペナン島を拠点に砦を築き、1842年イギリスはポルトガルから政治的にマラッカを譲り受け、同時にシンガポールを支配します。1840年にはマレーシアの錫を奪い取る目的で採掘し、そのために多くの中国人労働者がマレー半島部に定住するようになりました。1841年さらにイギリスはボルネオ島のサクラワを得て、1881年にボルネオのサバ州をイギリスの保護領とします。1896年イギリス領マレー連邦が成立し、行政の中心がクアラルンプールへ移動します。1914年マレー連邦にジョホール、サクワラ、サバ州にシャムから譲り受けたケダ州など北マレーシアを加え、現在のマレーシアの根拠が形成されました。